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L'export e-recolnat (darwin-core)

Modifié par Joséphine Ducruet le 2025/10/31 15:06

Versions 4.5.37 et ultérieures

L’export e-ReColNat de Flora permet de générer un fichier Darwin-Core (DwC) au format ZIP, destiné à la plateforme nationale ReColNat et aux grands agrégateurs internationaux de biodiversité (GBIF, EOL, OBIS, ALA…).

Il garantit la diffusion normalisée des données de spécimens, leur interopérabilité avec les standards scientifiques, et facilite leur valorisation auprès de la communauté de recherche.

Cette page décrit les principes de l’export, sa préparation dans Flora, ainsi que les étapes pratiques pour le réaliser et en assurer le suivi.

Présentation générale

Qu'est ce que l'export e-RecolNat ?

L’export e-ReColNat permet de récupérer les données saisies dans Flora et de générer automatiquement un fichier ZIP au format Darwin-Core.

Le Darwin-Core (DwC) est un standard international utilisé par les plus grandes plateformes d’agrégation de données sur la biodiversité :

  • GBIF (Global Biodiversity Information Facility)
  • EOL (Encyclopedia of Life)
  • ALA (Atlas of Living Australia)
  • OBIS (Ocean Biogeographic Information System)
  • OZCAM (Online Zoological Collections of Australian Museums)
  • MaNIS (Mammal Networked Information System)

Se conformer au label ReColNat, c’est donc permettre la diffusion et l’échange de données vers l’ensemble de ces organismes.

Voir la spécification détaillée ReColNat

Les entités e-ReColNat et leur correspondance Flora

L’élément central du système d’information e-ReColNat est le spécimen.
Autour de lui s’articulent différentes entités qui permettent de documenter sa collecte, sa conservation et son étude scientifique

  • Le spécimen est associé à une image numérique (Media)
  • Il peut aussi être associé une référence bibliographique
  • Il est rattaché à une institution (musée, université, laboratoire…) qui en assure la conservation
  • Il provient d’une récolte, caractérisée par un lieu géographique précis et réalisée par une ou plusieurs personnes (collecteurs)
  • La récolte peut aussi être mise en relation avec des données de biostratigraphie
  • Une personne (chercheur, déterminateur) attribue le spécimen à un taxon : c’est l’opération de détermination

Un spécimen n’est pas seulement un objet isolé, mais un nœud de connaissances reliant les institutions, les chercheurs, les taxons et les lieux de collecte.

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Schéma modèle de données infrastructure e-ReColNat

Ce schéma conceptuel peut être rapproché du modèle de données de Flora : chaque entité e-ReColNat trouve sa correspondance dans une table ou une notice du logiciel.

Entité ReColNatRôleCorrespondance Flora
SpecimenSpécimen physique identifié et conservé dans une collection biologique ou paléontologiqueBiens et ensembles
MediaRessource multimédia (image). Chaque média possède un identifiant unique et persistant (GUID)Photothèque
BibliographieRéférences bibliographiques liées aux spécimens-typesBibliothèque
TaxonDonnées taxonomiques observées sur les étiquettesNoms scientifiques
RécolteQuand, où, comment et par qui un spécimen a été récoltéNotices Biens/Ensembles (table Opérations en développement)
GéographieLocalisation précise de la récolteLieux et sites
BiostratigraphieRépartition des espèces fossiles dans les strates sédimentairesStratigraphie (en développement)
PersonneCollecteurs, déterminateurs, chercheursPersonnes
InstitutionOrganisme qui conserve le spécimen (musée, université…)Organismes

 Chaque entité reçoit un identifiant unique généré par ReColNat (UUID). Flora envoie ses UNIQUE_KEY qui servent de base à cette génération.

Préparer l'export

Champs obligatoires

Pour qu’une notice puisse être exportée correctement vers e-ReColNat, certains champs sont obligatoires.
Ils doivent être renseignés avant de lancer l’export, faute de quoi le validateur GBIF signalera des erreurs bloquantes.

Les principaux champs à vérifier sont :

  • Clé unique (généré automatiquement par Flora)
  • Numéro d'inventaire
  • Modifié le (généré automatiquement par Flora)
  • Nature

Alignement du champ Nature avec Darwin-Core

Le champ Nature est utilisé pour alimenter le champ BasisOfRecord du Darwin-Core, qui est obligatoire.
Ce champ n’accepte que les valeurs en anglais, définies dans la norme officielle.

Pour éviter toute double saisie dans les notices de spécimens, la correspondance doit être gérée directement dans le thésaurus NATURE en associant à chaque terme français son équivalent anglais).

Cette configuration doit impérativement être effectuée avant tout export.

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Exemple du terme naturalisation associé à son équivalent anglais PreservedSpecimen

Autres spécifications de saisie

La liste des champs exportés est issue de la la spécification détaillée label_recolnat 1.4.pdf et de la documentation technique Darwin-Core.
Les liens indiqués dans la colonne Champ ReColNat renvoient vers ces ressources et permettent de vérifier, pour chaque champ, les règles de saisie applicables.

LIbellé FLORAChamp FLORALIbellé RECOLNATChamp RECOLNATObligatoire
Clé UniqueUNIQUE_KEY

Identifiant unique et persistant représentant le spécimen

 

http://rs.tdwg.org/dwc/terms/occurrenceIDoui
 valeur par défaut = frLangagehttp://purl.org/dc/terms/language 
 valeur par défaut=présentStatuthttp://rs.tdwg.org/dwc/terms/occurrenceStatus 
Numéro d'inventaireNUM_INVENTAIRE

Code barre

 

http://rs.tdwg.org/dwc/terms/catalogNumberoui
Modifié leMODIFY_DATEDate à laquelle le
spécimen a été modifié		http://purl.org/dc/terms/modifiedoui
Nature

NATURE_SN
export uniquement du terme anglais saisi dans le thésaurus nature

Nature du spécimenhttp://rs.tdwg.org/dwc/terms/basisOfRecordoui
Champs texte libre du bloc découvertePRECISIONS_COLLECTE, PRECISIONS_DECOUVERTE,PRECISIONS8GEONotes ou commentaires sur le spécimenhttp://rs.tdwg.org/dwc/terms/occurrenceRemarks 
Numéro de fouilleNUM_FOUILLE-http://rs.tdwg.org/dwc/terms/recordNumber 
Inventeur découvreur collecteurINVENTEUR-http://rs.tdwg.org/dwc/terms/recordedBy 
Nb objetsNB_OBJETS_LOT
valeur par défaut 1		-http://rs.tdwg.org/dwc/terms/individualCount 
SexeSEXE_SNsexehttp://rs.tdwg.org/dwc/terms/sex 
PhasePHASE_SNStade de vie du spécimen au moment de sa récoltehttp://rs.tdwg.org/dwc/terms/lifeStage 
NatureNATURE_SN, termes en français-http://rs.tdwg.org/dwc/terms/preparations 
Copyright de la noticeCOPYRIGHTInformation sur les droits de la ressourcehttp://purl.org/dc/terms/rightsHolder 
Précision mention des droitsPRECISION_MENTION_DROITS

Droits d'accès à la ressource

http://purl.org/dc/terms/accessRights 
 Constante définie dans le paramétrageNom ou acronyme de l'institution possédant les droits sur la ressourcehttp://rs.tdwg.org/dwc/terms/ownerInstitutionCode 
  -http://rs.tdwg.org/dwc/terms/collectionCode 
Référence bibliographiqueREF_BIBLIO-http://rs.tdwg.org/dwc/terms/associatedReferences 
Photo de consultationPHOTO_INV.MUS_PHOTO.UNIQUE_KEY
Attention le filtre de selection des images à exporter doit etre adapté dans la configuration de l'export, par défaut toutes les images sont exportées

Identifiant unique globale du média associé au spécimen

on n'exporte pas l'image, mais un lien perenne permettant son affichage dans le fichier multimedia

https://dwc.tdwg.org/list/#dwc_associatedMedia 
HoteHOTE-http://rs.tdwg.org/dwc/terms/associatedTaxa 
Autres numérosNUM-http://rs.tdwg.org/dwc/terms/otherCatalogNumbers 
Lieu de découverte, site de fouilleSITE_DECOUVERTE terme en français du lieu et de ses parents hiérarchiques-http://rs.tdwg.org/dwc/terms/higherGeography 
Lieu de découverte, site de fouilleSITE_DECOUVERTE clé unique-http://rs.tdwg.org/dwc/terms/locationID 
Lieu de découverte, site de fouilleSITE_DECOUVERTE terme en français de plus bas niveau dans la hiérarchie-http://rs.tdwg.org/dwc/terms/locality 
Date de collecteDATE_COLLECTE_DEBUT-http://rs.tdwg.org/dwc/terms/eventDate 
Nom du gisementNOM_GISEMENT-http://rs.tdwg.org/dwc/terms/verbatimLocality 
Altitude baseeALTITUDE_BASSE-http://rs.tdwg.org/dwc/terms/minimumElevationInMeters 
Altitude hauteALTITUDE_HAUTE-http://rs.tdwg.org/dwc/terms/maximumElevationInMeters 
ProfondeurPROFONDEUR_SN-http://rs.tdwg.org/dwc/terms/verbatimDepth 
Lieu de découverte - coordonnées géoSITE_DECOUVERTE.LATITUDE_GEO-http://rs.tdwg.org/dwc/terms/decimalLatitude 
Lieu de découverte - coordonnées géoSITE_DECOUVERTE.LONGITUDE_GEO-http://rs.tdwg.org/dwc/terms/decimalLongitude 
Lieu de découverte - coordonnées géoSITE_DECOUVERTE.PROJECTION_GEO
Flora travaillant par défaut en RGF93? l'exporet prend en charge la conversion en WGS84		-http://rs.tdwg.org/dwc/terms/geodeticDatum 
Précisions découvertePRECISIONS_DECOUVERTE-http://rs.tdwg.org/dwc/terms/georeferenceRemarks 
Identification du specimenIDENTIFICATION_SPECIMEN
on ne prend que l'identification actuelle		Nom complet
taxonomique		http://rs.tdwg.org/dwc/terms/scientificName 
IdentificateurIDENTIFICATEUR-http://rs.tdwg.org/dwc/terms/identifiedBy 
Date identificationDATE_IDENTIFICATION-http://rs.tdwg.org/dwc/terms/dateIdentified 
Note sur l'identificationPRECISIONS_IDENTIFICATION-http://rs.tdwg.org/dwc/terms/identificationRemarks

Export des images via ARK

Les fichiers image ne sont pas transmis directement dans l’export e-ReColNat.
Le champ AssociatedMedia du Darwin-Core contient uniquement des URL pérennes pointant vers les images, sans contrôle préalable des droits d’accès.

Dans Flora, les images de la photothèque sont donc exportées sous forme de liens ARK (exemple : https://demobam.decalog.net/demov45/ark:/12345/003972356/doc/100153/medium).

Cette fonctionnalité suppose que :

  • le service ARK ait été activé dans l’application Flora,
  • l’application soit accessible en ligne via Internet.

Réaliser l'export

  1. Lancer l’export depuis une liste de résultats via l'icône e-ReColNat. Si aucune notice n’est sélectionnée : tout le lot est exporté.

  2. Choisir le modèle de publication adapté à l’institution et cliquez sur Valider
  3. Cliquer sur Obtenir le résultat
  4. Le fichier ZIP est automatiquement téléchargé (nom = modèle + date/heure).
  5. Contrôler le fichier dans le validateur GBIF avant envoi.
  6. Envoyer le ZIP à ReColNat

Contrairement à POP/Joconde, il n’y a pas de visa des notices dans Flora : le contrôle qualité est assuré par le validateur GBIF.

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Icône e-ReColNat

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Choix du modèle

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Obtenir le résultat

Suivre l'export

Un champ spécifique, Lot d’export ReColNat, est disponible dans la grille complète des notices.
Il permet d’indiquer, pour chaque notice, le lot d’export en cours de préparation ou déjà réalisé.

Ce champ présente deux avantages :

  • il peut être renseigné en masse grâce à la fonction de modification par lot,
  • il repose sur une liste de contrôle ouverte, qui laisse la possibilité d’ajouter de nouvelles valeurs selon les besoins.
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Champ Lot d'export e-recolnat